♦ Système côtier plus ou moins ouvert inondé de manière permanente ou périodiquement par des eaux marines, et où un fleuve déverse des eaux douces pouvant modifier de manière variable la salinité du système. Soumis à l'influence du fleuve d'une part et de la marée d'autre part, les estuaires possèdent des caractéristiques morphologiques et hydrologiques très variables selon la dominance de l'un ou l'autre de ces forçages naturels.

Les estuaires de la façade Atlantique sont principalement dominés par la marée ce qui les différencient des deltas présents en Méditerranée dont la morphologie est majoritairement contrôlée par la dynamique du fleuve.
Généralement peu profond et de forme évasée, un estuaire est communément délimité :

• à l'amont par la limite de pénétration de la marée dynamique (limite maximale de remontée de l’onde de marée) ;
• à l'aval par la limite d'extension des eaux saumâtres (de salinité inférieure à 30 g/l qui traduit la limite maximale d'influence des eaux fluviales).

> Il existe généralement un gradient allant de la salinité typique de la mer à des eaux douces issues du fleuve. Les estuaires peuvent être subdivisés en trois types dépendant de l'importance des apports fluviaux et du mélange avec la marée :

• Les estuaires avec simplement une zone salée en raison de l'importance de l'eau douce issue du fleuve ;
• Les estuaires aux eaux partiellement mélangées qui ne sont dominées ni par les apports du fleuve, ni par le mélange lié aux marées ;
• Les estuaires dans lesquels les eaux sont bien brassées en raison de l'énergie de la marée qui empêche la stratification des eaux. 

L’expansion latérale d’un estuaire est délimitée par la zone de balancement des marées (ou zone intertidale). Ces milieux représentent des habitats d’un grand intérêt écologique pour de nombreuses espèces. Les zones intertidales sont dissociées en deux étages selon leur temps d’immersion :

• Zone intertidale supérieure majoritairement végétalisée, immergée uniquement lors de grandes marées exceptionnelles (appelée schorre) ;
• Zone intertidale inférieure, immergée à chaque marée haute, composée de vasières "nues" (slikke) ou de bancs de sable ou de galets avec ou sans végétation aquatique de type macroalgues intertidales, roseaux, etc.

> Lorsque que la marée se propage de l'aval vers l'amont, les niveaux d'eau en un point donné oscillent au rythme des cycles basse mer (BM) / pleine mer (PM). Sur la base de ce critère, les estuaires se distinguent en fonction de l'amplitude du marnage (différence de hauteurs d'eau entre la BM et la PM en vives eaux) mesurée à l'embouchure, selon quatre catégories :

• estuaire microtidal : marnage < 1 m ;
• estuaire mésotidal : marnage de 1 à 5 m ;
• estuaire macrotidal : marnage > 5 m ;
• estuaire mégatidal : marnage > 8 m.

Le marnage n'est pas constant le long d'un estuaire : son amplitude est liée à la propagation de la marée dans l’estuaire. Cette dernière est fonction de la morphologie du système, de la rugosité des fonds et des berges (force de frottement), du coefficient de marée, du vent, des vagues et du débit du fleuve. La rencontre des eaux fluviales et marines entraîne un mélange ou à l’inverse une stratification des eaux estuariennes. En cas de stratification, les eaux douces, moins denses, circulent en surface alors que les eaux marines, plus denses, circulent au fond au rythme des marées. La rencontre de ces eaux de densité différente entraîne la formation de gradients de salinité longitudinaux et verticaux plus ou moins prononcés.

> Pritchard (1955) a défini une classification des estuaires en fonction du mode de mélange des eaux douces et salées :

1. estuaire stratifié à coin salé
2. stratifié
3. partiellement mélangé
4. bien mélangé.

Ce mélange entraîne la formation de gradients de salinité à partir desquels quatre zones aux caractéristiques halines différentes, peuvent être distinguées :

• la zone fluviale tidale (eau douce soumise à la marée dynamique) ;
• la zone oligohaline (salinité de 0,5 à 5) ;
• la zone mésohaline (salinité de 5 à 18) ;
• la zone polyhaline (salinité de 18 à 30).

Les matières en suspension (MES) regroupent les matières dissoutes (ex. macromolécules de taille inférieure à 0,45 μm qui sont de diverses origines : fluviales, marines, issues du ruissellement des sols ou de la production biologique intraestuarienne.
Au-delà de la salinité et de la turbidité, l’ensemble des paramètres caractérisant le milieu (ex : les nutriments, l'oxygène dissous...) fluctue dans le temps et l’espace. Divers facteurs naturels et anthropiques influencent ces paramètres :

• les apports entrant dans le système estuarien, en eau et en particules issus du bassin versant et du domaine côtier ;
• divers processus intra-estuariens complexes tels qu’érosion et/ou dépôt des sédiments, dégradation de la matière organique, transformation et/ou stockage des nutriments ou autres substances (naturelles ou anthropogéniques), de production et/ou consommation de l’oxygène, etc. Ces processus sont, pour la majorité, contrôlés par l’activité biologique.

>  De manière générale, les estuaires sont très fertiles en raison des nutriments apportés par les fleuves et qui sont recyclés dès l'entrée en raison des mouvements d'eau. Les conditions de brassage et l'abondance des nutriments ne permettent qu'une faible diversité spécifique mais une grande abondance de chacune des espèces présentes. La faune benthique reflète ici la nature du substrat et la plupart des poissons sont des formes juvéniles qui vivent dans l'estuaire jusqu'à leur maturité et migrent ensuite vers la pleine mer.

Les poissons fréquentant les estuaires sont regroupés en quatre catégories, les poissons marins, estuariens, diadromes et d’eau douce. Les trois guildes de poissons supportant l’eau salée classent les espèces selon différentes catégories :

A - Les espèces marines qui se reproduisent en mer et fréquentent les estuaires à un stade ou un autre de leur cycle de vie

• Les égarés marins (marine stragglers) pénètrent les estuaires avec de faibles effectifs à un stade de leur cycle de vie, généralement à un stade juvénile, dans les niveaux les plus bas où la salinité ne descend pas en dessous de 35 g/l. Ces espèces sont souvent sténohalines.
• Les opportunistes marins-estuariens (marine estuarine-opportunists) pénètrent régulièrement les estuaires avec des effectifs substantiels, souvent à un stade juvénile, mais utilisent, à des degrés divers, les eaux marines côtières comme zones alternatives de nurserie ; 
• Les espèces dépendantes du milieu marin-estuarien (marine estuarine dépendant) regroupent les espèces dont les juvéniles requièrent les habitats abrités des milieux estuariens et ne sont pas présents à ce stade le long des côtes exposées où ils passeront le reste de leur vie 
• Les espèces opportunistes (opportunist species) montrent des mouvements entrants et sortants dans les estuaires qui sont souvent saisonniers, selon des séquences caractérisant les groupes d’espèces qui se reproduisent en mer.

B - Les espèces estuariennes dont les individus passent tout leur cycle de vie dans les estuaires

• Les espèces entièrement estuariennes (solely estuarine) ;
• Les espèces marines et estuariennes qui sont également représentées par des populations marines ; 
• Les espèces estuariennes et d’eau douce ; 
• Les espèces migratrices, qui se reproduisent dans les estuaires mais dont les larves peuvent être emportées vers la pleine mer et revenir à un autre stage de leur vie dans l’estuaire.

C - Les espèces diadromes qui migrent entre la mer et l’eau douce

• Les espèces anadromes dont la plus grande partie de la croissance s’effectue en mer avant le passage dans les eaux douces où la reproduction s’effectue ;
• Les espèces semi-anadromes dont la ponte s’effectue en milieu marin jusqu’au niveau supérieur des estuaires plutôt qu’en eau douce ; 
• Les espèces catadromes passent leur vie en eau douce puis regagnent la mer pour pondre ; 
• Les espèces semi-catadromes ne pondent au plus loin que dans les zones basses des estuaires plutôt que dans les milieux marins ; 
• Les espèces amphidromes pondent en eau douce, et les larves sont transportées vers la mer où elles se développent avant de revenir en eau douce où la plus grande partie de la croissance s’effectue.

D - Les espèces d’eau douce qui se reproduisent en eau douce

• Les espèces égarées, trouvées en petits nombres dans les estuaires et dont la distribution est généralement limitée aux zones de faible salinité, dans les parties hautes des estuaires ;
• Les espèces opportunistes d’eau douce qui sont trouvées régulièrement et avec des effectifs modérés dans les estuaires et dont la distribution peut s’étendre au-delà des parties oligohalines de ces systèmes.

♦ Équivalent étranger : Estuary.