♦ Espèce non originaire d'une région donnée, qui l'a colonisée et y a développé des populations pérennes, c'est à dire capable de se reproduire à long terme.
Se dit d’une plante dont la présence dans le territoire considéré est postérieure à 1 500 ans après Jésus-Christ, et est due à une introduction intentionnelle ou accidentelle. L’aire naturelle de répartition (distribution géographique) d’une plante non indigène se situe par définition en dehors du territoire considéré, dans une autre zone biogéographique. Les plantes non indigènes sont distinguées selon leur région d’origine (Amérique, Asie, Afrique, région eurosibérienne, région méditerranéenne, etc.). Les plantes dont il n’est pas possible d’établir la patrie d’origine sont dites cryptogènes.
Leur capacité à se maintenir en dehors de leur aire d’origine témoigne d’une plus ou moins grande adaptation aux conditions locales (climat, géologie…).
♦ Équivalent étranger : Non native species.

♦ Définit une espèce qui accomplit tout ou partie de son cycle annuel dans ou sur l’eau.
♦ Équivalent étranger : Aquatic species.

♦ Synonyme : Espèce indigène.

♦ Plantes, animaux, champignons et micro-organismes occupant de façon naturelle une zone ou une région donnée pour une période longue et indéterminée.
Se dit d’une plante ayant colonisé le territoire considéré par des moyens naturels, ou bien à la faveur de facteurs anthropiques, mais dont la présence est, dans tous les cas, attestée avant 1 500 ans après Jésus Christ. Les plantes archéonaturalisées, et celles dont l’aire d’indigénat est incertaine et qui étaient déjà largement répandues à la fin du XIX^ème siècle seront, par défaut, considérées comme indigènes : elles seront dites « assimilées indigènes ».

« Une espèce est dite autochtone de France ou d’une de ses entités biogéographiques, si elle est réputée s’être reproduite au début de l’Holocène dans les milieux dulçaquicoles, saumâtres ou terrestres de ce territoire, qu’elle y soit actuellement présente, disparue ou de retour après une disparition » (PASCAL et al., 2003).

> Les plantes indigènes constituent le « fond de la flore » du territoire considéré : elles ont une aire de répartition (distribution géographique) inscrite dans le territoire considéré depuis plus de cinq siècles. Les espèces indigènes peuvent coloniser des milieux naturels, semi-naturels ou secondaires (fabriqués par les êtres humains). Les plantes indigènes peuvent être spontanées.

♦ Équivalent étranger : Indigenous species, native species.

♦ Qui caractérise un milieu. Espèce propre à une association végétale dont la fréquence est significativement plus élevée dans un groupement végétal déterminé que dans tous les autres groupements de même rang syntaxonomique.
♦ Équivalent étranger : Typical species.

♦ En matière de pêche, espèce recherchée prioritairement et faisant l’objet d’une technique de pêche adaptée.
♦ Équivalent étranger : Target catch.

♦ 1. Espèce qui a un rôle clé dans la structuration des communautés par la provision d'un habitat ou d'interactions dans la chaine alimentaire. Dans certains cas, ce rôle peut être plus large que celui qui semble apparaître à la suite d'observations sur l'abondance ou la biomasse d'espèces déterminées.
  2. Espèce qui contribue de manière substantielle à la structure de la communauté en raison de sa façon de vivre et de son abondance et qui crée des conditions localement stables pour les autres espèces et module et stabilise les processus écosystémiques fondamentaux.
  3. Espèce dont la disparition provoquerait des perturbations majeures dans des populations d'autres espèces ou des processus écologiques dans un écosystème. Elle possède un effet disproportionné sur son environnement en comparaison de sa biomasse. De telles espèces jouent un rôle critique dans le maintien de la structure d'une communauté écologique, affectant de nombreuses autres espèces dans un écosystème et aidant à déterminer les types et les effectifs de différentes autres espèces dans la communauté.
♦ Synonyme : Espèce clé de voûte.
♦ Équivalent étranger : Key species.

♦ Espèce commune et peu commune sont des définitions utilisées en écologie pour décrire le statut de population des espèces. Le fait d'être commune est lié à l'abondance qui fait référence à la fréquence avec laquelle une espèce est trouvée dans des échantillons contrôlés. Des espèces sont définies comme communes ou non communes sur la base de leur présence globale dans l'environnement.
♦ Équivalent étranger : Common species.

♦ Définit une plante introduite intentionnellement faisant l’objet d’une culture volontaire dans les champs, les prairies et forêts artificielles (à des fins de production), ou dans les jardins, les parcs, les espaces urbains, au bord des routes (à des fins décoratives) ... Il peut s’agir d’une plante ayant fait l’objet de manipulations (cultivar) ou pas.
♦ Équivalent étranger : Cultivated species.

♦ Définit une espèce dépendant étroitement d’habitats aquatiques pour son alimentation ou ses habitats).
♦ Équivalent étranger : Water-dependent species, paraquatic species.

♦ Voir espèce indicatrice.
♦ Équivalent étranger : Diagnosing species.

♦ Espèce qui présente une préférence exclusive pour un type particulier de végétation. Par sa présence (différentielle positive) ou son absence (différentielle négative) permet de distinguer un ensemble de relevés d’un autre ensemble. La présence d’une seule espèce différentielle, même si elle est constante et dominante, ne peut être considérée comme suffisante.
♦ Équivalent étranger : Differential species.

♦ Espèce dont tous les représentants appartiennent à des populations animales sélectionnées ou sont issus de parents appartenant à des populations animales sélectionnées.
Une race domestique est une population animale sélectionnée constituée d’un ensemble d’animaux d’une même espèce présentant entre eux suffisamment de caractères héréditaires communs dont l’énumération et l’indication de l’intensité moyenne d’expression dans l’ensemble considéré définit le modèle.
Une variété domestique est une population animale sélectionnée constituée d’une fraction des animaux d’une espèce ou d’une race que des traitements particuliers de sélection ont eu pour effet de distinguer des autres animaux de l’espèce ou de la race par un petit nombre de caractères dont l’énumération définit le modèle.
♦ Équivalent étranger : Domesticated species.

♦ Définit une espèce qui s’installe après une espèce pionnière et qui permet l’arrivée d’espèces consolidatrices. Il s’agit également d’une espèce qui retient les éléments meubles et contribue ainsi à l’édification d’un sol.
♦ Équivalent étranger :

♦ Voir Espèce étendard
♦ Équivalent étranger : Charismatic species.

♦ Espèce pouvant être considérée comme en risque d'extinction.
♦ Équivalent étranger : Endangered species.