♦ Un tel système doit avoir les objectifs suivants :

• Protéger et gérer des exemples significatifs de systèmes marins et estuariens afin de garantir leur viabilité à long terme et de maintenir la diversité génétique
• Protéger les espèces et les populations rares, menacées ou en danger et préserver en particulier les habitats considérés comme critiques pour la survie de telles espèces
• Protéger et gérer des aires indispensables pour le cycle de vie d'espèces importantes sur le plan économique
• Empêcher des activités extérieures d'affecter négativement les aires marines protégées
• Contribuer au bien-être des populations affectées par la création d'aires marines protégées
• Protéger et gérer des sites historiques et culturels et des aires marines et estuariennes de valeur esthétique 
• Favoriser l'interprétation des écosystèmes marins et estuariens à des fins de conservation, d'éducation et de tourisme
• Développer dans les régimes de gestion appropriée un large spectre d'activités compatibles avec le but premier des paramètres marins et estuariens
• Fournir des éléments pour la recherche et la formation et pour suivre les effets sur l'environnement des activités humaines, incluant les effets directs et indirects du développement et des pratiques d'utilisation des terres à proximité.

Le développement d'un tel système sera favorisé par :

• Une acceptation d'un système de classification des zones marines et estuariennes, incluant des aires biogéographiques identifiées
• L'analyse des aires protégées existantes, afin d'établir le niveau de représentation des catégories de ces aires, ce qui peut nécessiter 
• La détermination des niveaux existants et planifiés d'usages de l'environnement marin et estuarien et les effets probables de ces usages
• La délimitation des aires potentiellement compatibles avec les objectifs cités ci-dessus et détermination des priorités pour leur mise en œuvre et leur gestion • Le développement et mise en œuvre d'une éducation extensive pour la communauté, pour la sensibiliser et améliorer son soutien
• L'attribution de suffisamment de ressources pour le développement et la mise en œuvre de plans de gestion, pour des processus de révision de la réglementation, pour l'interprétation, l'éducation et la formation de bénévoles, et la mise en place de programme de recherche, de suivi et de surveillance.

Étant donnée la difficulté à coordonner des actions parmi de nombreux pays en même temps, un système global d'AMP consistera plus probablement en réseaux nationaux ou régionaux distribués partout dans le monde. Le réseau doit également permettre de tirer des avantages sociaux et économiques, même s'il existe obligatoirement dedans des zones dans lesquelles aucun prélèvement n'est possible afin de permettre la reconquête des zones voisines par l'excédent produit. La part de ces zones strictement protégées est très dépendante de l'état des milieux et de l'abondance ou de la rareté des ressources animales et végétales ciblées.

> Huit critères de définition d'un réseau peuvent être identifiés :

1. Représentativité >> Les réseaux doivent représenter une gamme de diversité marine et côtière (des gènes aux écosystèmes) et d'environnements physiques associées au sein d'une aire donnée. 
2. Duplication >> Tous les habitats de chaque région devraient être répliqués ailleurs et distribués dans l'ensemble du réseau. 
3. Viabilité >> Un réseau devrait être auto-suffisant ou ses composants devraient être dispersés suffisamment pour assure sa persistence malgré les cycles naturels de variation. Ces sites devraient, dans la mesure du possible, être indépendants des activités se déroulant aux abords.
4. Principe de précaution >> Les concepteurs du réseau devraient fonder leurs décisions sur les meilleures informations disponibles, plutôt que de retarder le processus en attendant de disposer de plus et de meilleures données. Quand les informations sont limitées, les concepteurs doivent adopter le principe de précaution.
5. Permanence >> La définition d'un réseau doit fournir une protection à long terme pour conserver efficacement la biodiversité et réapprovisionner les ressources naturelles. 
6. Connectivité maximale >> La définition d'un réseau d'AMP doit chercher à maximiser et à améliorer les liens entre les AMP prises individuellement, les groupes d'AMP au sein d'une écorégion donnée ou les réseaux dans la même ou dans des régions différentes.
7. Résilience >> Les réseaux d'AMP doivent être définis pour garantir l'état naturel des écosystèmes et pour absorber les chocs, particulièrement en cas de risque de changement à long terme comme dans le cas du changement climatique. 
8. Surface et forme >> Les AMP individuelles au sein d'un réseau doivent être d'une surface minimale pour minimiser les impacts négatifs des activités situées en dehors de l'aire protégée (éviter ce qui est appelé l'effet lisière). L'importance des avantages dérivés des AMP individuelles va dépendre de leur localisation, de leur définition, de leur surface et des relations avec les autres formes de gestion.

> Les réseaux d'AMP potentialisent les avantages des sites individuels et protègent les processus à grande échelle qui garantissent des populations en bonne santé, telles que la connectivité, les flux de gènes et les variations génétiques. Les objectifs du réseau doivent être clairement définis :

• Objectifs Écologiques >> Visent à protéger, gérer et/ou restaurer les écosystèmes marins et leurs composant 
• Objectifs Économiques >> Définissent comment une région va tirer profit d'un réseau et qui risque de connaître des impacts économiques négatifs
• Objectifs Socio-culturels >> Incluent une gamme complète d'avantages que la biodiversité fournit, particulièrement ceux qui agissent directement sur la santé et le bien-être humain. Ils doivent également favoriser la participation des parties prenantes, ce qui favorise la confiance et réduit les malentendus dans les processus de prises de décisions.

Les techniques de gestion adaptatives permettent de mettre en place un suivi et une évaluation du système pour tester l'efficacité des méthodes de suivi et les redéfinir si besoin.

♦ Équivalent étranger : National system of protected areas.