♦ Permettent de tester des scenarii et des combinaisons de facteurs différents nécessaires pour atteindre divers objectifs, à partir des données sur des espèces, des habitats et, de manière générale, de différents éléments de la diversité biologique. Les sites sont divisés en unités de planification, tels que des hexagones ou des cellules de différentes tailles. Des précautions doivent être prises pour sélectionner ces unités selon les exigences et les particularités relatives à des espèces, par exemple. La superficie minimale nécessaire pour maintenir certaines espèces peut être saisie dans ces programmes. Les résultats peuvent permettre de réduire la taille d'une aire ou le coût de son acquisition, et de maximiser la complémentarité avec d'autres aires protégées. Des programmes complexes peuvent proposer le périmètre le plus pertinent possible. Le risque de catastrophes naturelles peut être abordé en prévoyant une distance minimale entre les aires protégées créées pour de mêmes objectifs. Les facteurs socio-économiques, tels que la réduction des coûts et des conflits peuvent aussi être inclus. Les menaces sont prises en compte en se focalisant sur les espèces ou les habitats en danger. Une économie peut se faire en sélectionnant des zones plus larges, complémentaires dans un réseau d'aires protégées.
Le choix de l'algorithme le plus performant est spécifique à chaque cas. MARXAN (MARine, and SPEXAN, acronyme de SPatially EXplicit Annealing) a été utilisé pour identifier les zones prioritaires et les stratégies de gestion pour la conservation de 4 795 espèces de mammifères terrestres dans le monde. l'analyse a révélé que près de 11 % des espaces terrestres du monde entier auraient besoin de protection par l'utilisation de diverses méthodes pour conserver un dixième des aires de répartition des mammifères. Une stratégie multi-facettes, se focalisant sur les aires protégées existantes, associant l'établissement de nouveaux parcs et la gestion de zones d'occupation humaine, serait nécessaire pour atteindre même un minimum de conservation pour ces espèces. Le programme précurseur de MARXAN, SPEXAN, a été intégré avec Arc View. Les deux programmes prennent en compte les critères spatiaux dans la sélection du site et fournissent un support de décision pour la création d'aires protégées. Ceci a été utilisé pour créer un système de réserves en Afrique du Sud.
♦ Équivalent étranger : Protected area planning algorithms.